Venta de apartamento

Debes escriturar por el precio real.
Si la administración no se creyese el precio haría una valoración alternativa y sería la que utilizaría a la hora del pago de impuestos del comprador.
Dado que la diferencia entre el valor real y el estimado por la administración es pequeño lo más probable es que la administración lo acepte sin más, si hiciese una valoración superior el comprador podría hacer una valoración contradictoria (e incluso aportar los anuncios con el precio de oferta del apartamento) y se pediría una tasación tercera independiente que tendría que quedarse en un valor intermedio o asumir uno de los dos (el de la administración o el del comprador). En todo caso el problema se le presentaría al comprador y es muy improbable que se presente.
La ley no marca ningún valor para escriturar (quizá no te lo han explicado correctamente), la administración lo que se hace es una valoración en base a unos coeficientes para evitar el fraude por escriturar por debajo del valor de venta.
En la situación actual los valores de venta están por debajo de los estimados por la administración en muchos casos (e incluso en porcentajes muy importantes). En tu caso la diferencia es, porcentualmente, pequeña; así pues no creo que la administración ponga pegas.
Por otra parte, escriturando en más dinero del que sea la venta tendrás que pagar impuestos (plusvalía) por un dinero que no has recibido.