Los permisos a carpetas no se heredan correctamente entre las subcarpetas (Windows Server)

Utilizo Windows Server 2008 R2 y el problema es el siguiente:

Cuando voy a darle permisos generalmente control total a un usuario a una carpeta determinada hereda los permisos a unas carpetas pero a otras no. Por lo que tengo que averiguar que carpetas tiene acceso y cuales no e ir una a una añadiendo el usuario los permisos para acceder a cada una de las carpetas. También por otro lado cuando creo un grupo local y agrego a ese grupo unos usuarios y luego a una carpeta de doy permisos a ese grupo, es como si no hiciera nada, tengo que agregar los usuarios uno a uno. Y lo último, me tuve que hacer una cuenta para poder acceder de forma remota al servidor ya que solo existía la de administrador, a esta nueva cuenta o usuario le hice miembro de lo mismo que era el Administrador, es decir de oper. De cuentas, Administradores, operadores de dominio etc, pero por alguna razón con ese usuario no tiene los permisos para dar permisos a otros usuarios para navegar entre las carpetas, es como si no fuera administrador.