WIn XP y scandisk

Hola.
Últimamente al arrancar mi win xp pro (FAT32), empieza a correr el scandisk,
informándome que el sistema se cerro mal. Esto es incorecto, ya que el único
que usa la pc soy yo y siempre me aseguro de cerrar el sistema como
corresponde. Lo que me inquieto hoy, es que al encender la pc me salio un
mensaje que no se podía cargar elk sistema operativo porque falta un archivo
o esta dañado en esta ubicación: \windows\system32\config\system.
Mi pregunta es a que se debe estos errores frecuentes y que hoy poco más
termina en una catástrofe (perdida de datos).
Y mi otra consulta es de donde puedo sacar información sobre la consola de
recuperación, para la próxima ver si hay otra forma de resolver estos
problemas.
Muchas gracias!