Clonar equipos con linux y windows

Tengo el siguiente problema: debo instalar toda un aula de informática con windows 2000 y un sistema linux en el mismo disco. Obviamente, no quiero instalar todo el software en todos los equipo. Lo que quiero hacer es instalar todo el software en un equipo, hacer una imagen con ghost cast server y clonar el resto de equipos por red. El problema es que me han dicho que si tienes linux instalado, la clonación no va bien con ghost, y al parecer el problema está en el arranque: en el lilo. ¿Alguien sabe si hay alguna manera de solucionarlo? ¿Puede ser incorporando el arranque del sistema linux dentro del arranque de windows 2000 (boot.ini)? En tal caso, ¿cómo se hace? Gracias.