Dos discos sata con SO

Tengo un equipo con 3 discos duros y varias particiones. Cada disco duro tiene una partición con un SO.
Hace tiempo que hice las imágenes y no me acuerdo muy bien de como gestioné los SO. En principio los 3 eran XP. Pruebo muchos programas y cuando se pone lento el equipo uso otro disco mientras instalo o recupero el sistema de nuevo.
Para no tener problemas, están exactamente igual configurados, es decir, como tengo muchas unidades, cada SO guarda los documentos en el la misma partición, de forma que puedo pasar de uno a otro sin hacer ningún cambio en mi forma de trabajar (por ejemplo, todos los SO guardan los datos de "mis documentos" en el disco E).
Estos días empecé ya con problemas gordos y no me quedó más que recuperar la imagen.
Tengo dos discos sata (los llamare sata1 y sata2 en sata1 es donde trabajo siempre) y uno ide (con el sistema a pelo y el ghost para recuperar las imágenes). En el ide entraba y toda la estructura de discos estaba bien, C para el sistema, DE para los datos, E para documentos, R y ES para los otros sistemas, etc.
Pero al entrar en el sata2, el sistema seguía en el disco R en vez de en C y las letras del resto de unidades estaban todas cambiadas. Ya que no funcionaba instalé el W7 para ver que tal iba y la unidad siguió siendo R como unidad del sistema.
Mi duda (después de todo este rollo) es si (ya que con el ide no pasaba) al ser discos sata los dos, al cambiar la letra de la unidad en uno afecto al otro, o si por el contrario puedo instalar de nuevo el W7 (me daba pantallazos azules así que empiezo de nuevo desde cero) y cambiar las letra de las unidades en el sata2 para que coincidan en ambos discos y, como te comenté, trabaje en ambos indistintamente sin que los accesos directos o las configuraciones tengan que ser modificadas de un disco a otro.
Hasta ahora con más o menos fortuna usaba el Partition Magic ¿Me recomiendas otro mejor para hacer, mover, redimensionar, cambiar nombres de unidad, etc.?
Y para la imágenes el Norton Ghost, pero para las copias de seguridad uso otro distinto, así que a veces se me hace engorroso que esté cargado permanentemente. ¿Hay otro más cómodo que solo sirva para crear las imágenes para recuperar el sistema y que pueda además arrancar desde cd?
Gracias por tu ayuda, la extensión del texto intentaba dar claridad a la pregunta, no sé si lo he conseguido.