Config.sys

A ver, los archivos que me comentas son archivos de inicio de MSDOS.
Cuando enciendes tu ordenador, necesitas ejecutar ciertos programas para que todo funcione, como por ejemplo el controlador del CDROM, etc. Cada vez que enciendes tu ordenador hay que ejecutar un comando para cargar el CDROM, por ejemplo c:\cdrom\cdrom.com. Cuando apagas el ordenador, la información de la memoria donde se almaceno el controlador se borra, por lo que al encender de nuevo tendrías que repetir el comando.
Para evitar tener que escribir todos los comandos cada vez que enciendes el ordenador, se creó el AUTOEXEC.BAT y el CONFIG.SYS.
Una vez que tu ordenador se ha encendido y se ha ejecutado el sistema operativo, éste ejecuta automáticamente todos los comandos que hay en el CONFIG.SYS, y cuando acabe con esto, hace lo mismo con el AUTOEXEC.BAT
Estos archivos no son más que listas de comandos.
La diferencia entre ambos es que en el config.sys no hay comandos "normales" que se ejecuten normalmente, sino que hay llamadas a controladores del sistema, configuracino de la memoria y cosas por el estilo, mientras que en el autoexec.bat están los comandos más básicos, como el ratón, el cdrom, etc.
Actualmente, las versiones de Windows ya no utilizan estos archivos, ya que disponen de otros métodos para cargar los controladores.
Espero haberte ayudado un poco a entender estos dos viejos archivos.