Recomendaciones para instalar Linux

Me has pedido recomendaciones pues bueno comienzo por recomendarte que no instales el linux en C: pues después causara ciertos problemas con tu windows no digo que esto no sea posible pues si lo es pero no es lo más recomendable, lo que te recomiendo es que te consigas el partition magic y con el mismo les des nuevos tamaños a tus particiones y logres hacer espacio en tu disco duro(mínimo 2GB) para instalar tus particiones las cuales te recomiendo como básicas "/","swap" y "/home" poniendo el mayor tamaño a "/" pues aquí ira todo tu sistema y la mayoría de el software que instales, la "swap" depende de tu memoria ram mientras más tengas más grande pues es tu partición de intercambio equivalente por haci decir a un buffer y "/home" con lo que te resta pues aquí irán los usuarios que agregues y sus respectivos archivos, en cuanto a escoger el arranque del OS esto es tan fácil como instalar el LILO o GRUB que son como software de arranque, la mayoría de las distros. Linux los traen con la opción para instalar en caso de que tu distro. No traiga la opción, en el disco debe venir alguno de los dos o puedes bajarlos de internet, instálalos y listo tendrás un gestor que arranque, en cuanto a tu partición de D: que se vuelva D: y E: esto es más o menos lo que te comente al princio solo que linux no va en una sola partición bueno si podría pero se recomienda hacer mínimo las 3 particiones que te dije.

No olvides de fragmentar primero la unidad en la que quieras colocar linux, que no se te olvide!
Después puedes o bajarte el partition magic o con el fdisk reparticionar la partición, tienes que crear 2 para linux una grande y otra el doble que la ram (swap). También puedes paticionar la unidad cuando estés instalando con el cd de linux, con el disk druid o el fdisk de linux.
Cuando termines esto empezará la instalación, si le dices que te coloque el arranque en el mbr y que instale lilo estará todo perfecto a la hora de arrancar.
Suerte! Si necesitas algo más aui estoy...

Antes de nada darte un consejo, nunca instales en una misma partición dos sistemas operativos...
Tras esa premisa inicial, decirte que si la partición c de la que hablas es lo suficientemente grande, podrás redimensionarla con el partition magic creando de esa dos, una que seguiría siendo c:, con el windows instalado, y otra que aparecería nueva, donde meterías las dos particiones que te hacen falta para linux. Si no es grande, siento decirte que no podrías hacerlo por que el sistema w98 no es capaz de reconocer el tipo de formato del sistema linux. Y linux no se instala sobre fat32 que es el que utiliza W98.

Te recomiendo que no utilices la partición de windows para instalar el linux, a no ser que utilices un programa para hacer particiones en caliente y hagas una partición separada para el linux. Luego cuando estés haciendo la instalación, dile que te instale un gestor de arranque (lilo por ejemplo) y que lo haga en el mbr (master boot record). Asegurate de que en la información de arranque te especifica que se va a poder arrancar el windows (es decir, que no te lo vas a cargar)

> ¿Que pasaría si instalo linux en D:, reparticionando esta unidad en D: y E:, para
> ¿Qué yo pueda seguir utilizando una unidad de respaldo?
Te aconsejo algo sencillo[1] cógete algún soft de particionamiento y haz dos particiones en vez de usar solo la D: una de ellas sera el sistema de linux y la otra deja que sea el doble de la ram más o menos que tienes, si tienes 512 no dejes un giga !, y durante la instalación utiliza una de las particiones de linux y la otra la usaras de linux swamp
es la manera más sencilla de instalarlo.
[1] http://www.ibiblio.org/pub/Linux/docs/linux-doc-project/install-guide/translations/es/lipp-1.1-html-2/lipp.htm

Tendrás que quedarte al final con 3 particiones C para windows, DE para Linux y E como unidad de respaldo.
C no puede superar los 8 Gb porque sino el MBR no reconocerá el S.O que este instalado en D.
Para Linux son necesarios unos 5 Gb, En la instalación de Linux tendrás que elegir instalación personalizada para que conserve Windows y partir D en 3 unidades SWAP (memoria virtual), / (Linux) y /boot (arranque de linux), Para Swap se recomienda el doble de tu memoria RAM, para /boot sera suficiente 75 Mb y elige hasta completar espacio para la unidad / (donde ira Linux). Lo próximo sera configurar LILO o GRUB que son los gestores de arranque, seleccionas el predeterminado y listo. A instalar

Lo primero que tienes que tener claro es que son las particiones, diciéndolo de modo fácil imagina que las particiones son los espacios en los que divides tus discos para poder crear tus unidades.
Así, cuando instalas windows a la primera partición la denomina "C:" en cambio en linux esta se llamaría "/dev/hda1", hd viene de Hard Disk, la a por ser el primer disco y el numero que indica el numero de partición.
Entonces lo primero que tienes que hacer es tener una partición libre para poder crear las unidades que necesitas en Linux para poder instalarlo. En el site de RedHat hay un documento para los que son noveles y te explica claramente todo el proceso de instalación.
HTH