Problema con 2 particiones

Hola!
Pues tengo un problema con mi PC; tengo un SO Windows XP Professional con dos particiones de disco, una partición es la que suelo utilizar (C: WINDOWS) y la otra la tengo más bien para almacenar las cosas (D: Almacén).
Necesito quedarme sólo con una partición, y formatear el ordenador.
Hice lo siguiente: conseguí un CD de Windows XP Professional SP3, todo bien hasta que intento eliminar las particiones, la "D: Almacén" sí me deja quitarla, pero no me deja la "C: Windows".
Especifico lo que me pasa cuando pongo el CD y llego a la parte de borrar las particiones. La D (almacén) me la deja borrar sin problemas, pero la C no, y me dice esto concretamente:
"El programa de instalación no puede realizar la operación solicitada en la partición seleccionada. Esta partición contiene archivos del programa de instalación temporales que son necesarios para finalizar la instalación".
Leí que era porque es ahí donde tengo instalado el SO, así que con un disco de arranque enciendo el PC, pero cuando me pide el segundo disquete y le doy a enter no continúa, se queda parado.
No sé casi nada de informática... Y ahora mismo no tengo dónde llevar el PC a que lo arreglen, tengo que harcerlo yo misma, así que necesito ayuda, o más bien un milagro...
Estoy preocupada porque no puedo seguir muchos días con el ordenador así (lo necesito para trabajar).
Espero que podáis ayudarme. Muchas gracias de antemano.
Un saludo.