Gif transparente

Efectivamente, no conozco el programa que mencionas.
Eso, si, puedo decirte que el mejor programa de retoque fotográfico es el ADOBE PHOTOSHOP. Con el puedes hacer prácticamente de todo, escaneo, retoque, efectos especiales, etc...
Seleccionar un dibujo y hacer fondo transparente es muy sencillo, brevemente te explico:
1.- Abrir dibujo y con la varita mágica seleccionar la zona blanca alrededor del dibujo.
2.- Ir a menu Edición y seleccionar la opción Invertir.
3.- Ir a menú Edición y selleccionar Cortar (con esto cortamos el dibujo)
4.- Menú Archivo y Nuevo (seleccionar ahí el fondo transparente)
5.- Menú Edición y Pegar (se inserta el dibujo que cortamos previamente)
6.- Por último ir a menú Archivo y Exportar como GIF 89A
Y ya está, así de sencillo, hay muchas maneras de hacer esto, pero quizás esta sea la forma más sencilla.

Lo que debes hacer es utilizar la herramienta barita mágica que es parecida a una lupa (en toso los programas es igual) y seleccionas el fondo a quitar con alt seleccionas por parte al tener y todo lo que quieres seleccionado le das suprimir y así te queda la figura deseada sola
El programa por excelencia para este efecto es photoshop consíguelo ya que los paso ha seguir están basadoe en photoshop pero quizás photo suite sea igual prueba ya que en toso los editores se parecen un poco
Suerte...

Para mi el mejor programa de estas características es sin duda photoshop, especialmente las versiones 5.5 y 6.0, si tienes la posibilidad hazte con alguno de estos, ya que su formato de guardar para web optimiza las imágenes a la perfección. Con estos programas solo tienes que elegir la opción "transparencia" al guardar el gif, y la parte que hayas seleccionado al editarlo se guardará como transparente. Si consigues el programa y no consigues hacerlo te lo explico paso a paso.

Si quieres quitar el fondo a un gif, igual te sirve este video Fondo transparente en un gif