Quiero consejo sobre los métodos anticonceptivos y para evitar enfermedades de transmisión sexual

Buenos días... En realidad pues el enfermo no soy yo je, sino mi novia... Le explicaré la situación. Hemos tenido sexo el día 3 de este mes, con protección, yo use preservativo, PERO, antes de ponérmelo, introduje mi pene sin protección en su vagina unas 3 o 4 veces y luego lo extraje y me coloqué el preservativo. De ahí en más solo me quité el preservativo para que me diera sexo oral y practicar sexo anal. Luego del sexo anal, introduje mi pene nuevamente en su vagina unas 3 veces más, nuevamente lo retiré y me coiloqué otro preservativo. Todo bien hasta ahí, luego terminé dentro del preservativo y comprobé que no estaba pinchado ni roto.
El día Domingo 11 pasado ella me habló para decirme que tenia un flujo vaginal de color rosa "viejo", mucoso y luego algo cristalino, que ha alternado con color marrón oscuro, con dolor de caderas (era la primera vez que tenia sexo anal, supongo que sería por eso) y mucho ardor y dolor al orinar. Ese flujo le ha durado hasta el día domingo 18 pasado (un total de 7 días, por lo que yo realmente dudo que fuera un flujo de implantación, además ha comenzado entre el día 8 y 9 de la concepción, gralmente las mujeres que lo presentan lo hacen hacia el día 13), tiene el abdomen inflamado y ya el día 9 después de la "supuesta concepción" ella se hizo un test (sin razón, para mi, aun no vería nada en él) de embarazo que dio negativo y el día 11 se hizo otro que también dio negativo. Hoy van ya 17 días de la "concepcion", y no tiene ningún síntoma de embarazo, no se siente mal, la aureola de su pezón no se ha oscurecido, no tiene nauseas, no tiene sueño, no va a orinar más de lo normal ni nada! Ella tiene quistes en sus ovarios y es extremadamente irregular (suelen pasar entre 35 y 75 días sin que le venga su regla), ha ido al ginecólogo y le dijo que es casi imposible que esté embarazada, que es necesario pensar en un desorden hormonal suponiendo que los quistes puedan haberse fusionado en uno grande, le ha pedido dosaje de LH y FSH, un examen de orina y una eco, todo próximo a realizarse, sin embargo, ¿podría realmente estar embarazada? Se debe esto a un desajuste hormonal, ¿por el problema de sus quistes? ¿Podría tener una infección?
Yo soy estudiante de Medicina y realmente me inclinaría por el desajuste hormonal y por la infección (la urinaria seguramente está), pero quisiera la opinión de un profesional...
Espero su respuesta. Gracias!