¿Hago una aportación a la cuenta para compensar las perdidas y que el patrimonio neto tenga saldo?

Puedes hacer perfectamente ese asiento tal como dices, de la 551 a la 118 y luego compensar las pérdidas a la 121.
No hay importe mínimo para declarar en la memoria y realmente el saldo de la 551 se debe declarar igualmente.
La única pega es que lo que se traspasa a la 118 no se puede recuperar. Es decir, que los socios no podrán retirar esa cantidad porque entra a formar parte del patrimonio neto, mientras que si estuviera en la 551 y la empresa tuviera tesorería, lo podrían hacer.
Una solución intermedia es la de suscribir un préstamo participativo, que es una fórmula legal con una serie de condiciones que son bastante asumibles y que permitiría recuperar esa cantidad por los socios al cabo de un periodo de tiempo determinado o volver a suscribirlo.
Hacienda no tiene por qué "mosquearse" por ese traspaso porque está dentro de la legalidad. Otra cosa será si investiga de dónde han sacado los socios esas cantidades, pero eso lo puede hacer perfectamente aunque dejes el saldo en la 551.

Este tipo de aportaciones deben pasar por el Registro Mercantil, así como la reducción para compensación de pérdidas. Y para poder inscribir estos movimientos en el registro antes hay que pagar un 1% de ITPAJD.
Cualquier variación del patrimonio neto también tiene que aparecer en la memoria.

Entonces a ver si me entero.
Tienes por un lado unas perdidas de ejercicios anteriores y por otro un saldo de 485000 euros en la 551 de dinero que se han ido gastando los socios y no lo han repuesto
¿Es así?