Ayudas a jóvenes empresarios

No conozco las condiciones de las ayudas que comentas pero es en ellas en las que debes buscar esa información.
Las ayudas pueden ser de varios tipos, en este caso las más habituales suelen ser por inversión o por creación de puestos de trabajo (autoempleo).
En general todas ellas pagan una parte en el momento en el organismo competente da el visto bueno a la solicitud de ayuda. Esta parte puede ser un 30-50% del importe total de la ayuda (digo "en general" no siempre es así).
Si la ayuda es a la inversión, generalmente el pago final se hace una vez se presentan los justificantes de las inversiones que son objeto de ayuda. Pides la ayuda, te la conceden, haces la inversión, la justificas con las facturas y te pagan la ayuda. El plazo para el pago depende de lo que tardes en hacer la inversión y en presentar la justificación (aparte de los retrasos propios de la administración).
Si la ayuda es al autoempleo te suelen pedir que tu puesto de trabajo permanezca un mínimo de tiempo, generalmente un año. En este caso te pedirán, pasado ese plazo, justificante de que sigues trabajando (vida laboral o similar).
Sin embargo, hay veces en las que el retraso no tiene nada que ver con todo esto, sino que se debe a problemillas internos de la administración. Llama de vez en cuando al organismo competente y trata de localizar a la última persona responsable. Es curioso como resulta que cuendo contactas con esta gente tu expediente es el primero del montón que, justo en ese momento, iban a empezar a procesar.
Un saludo, espero haberte sido de ayuda y no olvides puntuar la respuesta