Autónoma ¿Nómina o factura? ¿Cobro atrasos?

Abogadosedo te comento mi duda, soy autónoma y trabajo prestando servicios a una clínica con la que acordé el 30% de lo que yo genere por consulta (soy dentista). El caso es que son un desastre y me han ido pagando en efectivo sin yo emitir factura alguna.
Ahora la deuda está clara ya que me deben muchos meses (unos 5.000€ aprox.) del ejercicio 2012, ¿estoy obligada a emitir factura con su correspondiente liquidación de IVA no?. ¿Es qué he leído algo por internet de que me podrían pagar con nóminaincrementándoles el recibo autónomo como retribución en especie?.
En cualquier caso cobraré en 2013, ¿sería conveniente emitir facturas del 4º trimestre de 2012 y sus correspondientes abonos para compensar dicho IVA? Así no me descuadra mi tesorería y pago cuando cobre.
¿Qué harías tú en mi situación?

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Usted es autónoma y por lo tanto, esta obligada a emitir factura por sus servicios profesionales, y puede que este obligada a realizar retenciones en las mismas.

Lo que usted indica de la nomina, es cuando usted es administrador-trabajador de una sociedad...

Si no emite las facturas, difícilmente podrá luego reclamar si no le pagan...

Correcto, emitiré facturas pero el 15% de IRPF se suma a la misma o se me descuenta del líquido a mí? ese 15% lo ingreso yo con algún modelo o se encarga la empresa pagadora?

Las retenciones pasaron a ser del 21% en el mes de Septiembre, anteriormente eran del 15%.

La empresa es quien ha de ingresar estas retenciones. Usted pone sus honorarios, suma el IVA y resta la retención (se realiza sobre los honorarios).

Muchas gracias por su respuesta, por último es posible que siga siendo del 15%?? ya que llevo menos de tres años desde el inicio de la actividad y el nunca he facturado??

La retención reducida es para los dos primeros años, y a pasado del 7% al 9%.

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