Creación de Empresa SL

Vamos por partes.
En primer lugar si son socios a partes iguales dispondrán de un 50% cada uno de la sociedad, el sería socio capitalista (por lo que indica) aunque no indica quién de los dos (o los dos) sería el administrador de la sociedad. Por otro lado, si socio es meramente socio capitalista no habría en este caso incompatibilidad con su actual trabajo aunque sea dentro del mismo sector, de todos modos, eso le imposibilita (ya que entonces si se produciría esa incompatibilidad) ser administrador de la sociedad, con lo que la forma que deben elegir es la de administrador único en su persona (cosa que conlleva importantes responsabilidades personales frente a terceros y frente a su propio socio).
En referencia a su segunda pregunta - no confunda el capital social con la inversión de los socios. El capital social es aquel que se constituye legalmente para cubrir las responsabilidades de la empresa frente a terceros. Si deben vds., poner capitales propios para empezar lo normal es que la empresa suscriba un préstamo privado con vds., que se debiera de elevar a categoría pública para dar más fuerza al mismo o por el contrario se contemple como una aportación de los socios en una cuenta corriente con los socios que se irá regulando.
Respecto a si se ingresa en la cuenta bancaria o en caja - sea de una forma o de otra (según les he comentado en el párrafo anterior)´- pueden hacerlo como mejor les parezca, aportándolo en metálico a la caja de la empresa o bien como ingreso en la cuenta de la sociedad, se refleja el movimiento contable y eso es todo.
Antaño, los gastos de constitución de la empresa eran susceptibles de amortización durante un periodo máximo de 5 años, en la actualidad no lo son. En este caso sugiero que realicen las compras correspondientes pero que les emitan la factura en el momento que la sociedad esté constituida. De todos modos, no tiene sentido ese modo de proceder es mejor que constituyan la empresa y que se realicen las facturas como sociedad en constitución.