Bueno el tema parece complejo, el asunto de los años 1999 o 2007, depende de cómo se lo tome el perjudicado, ya que la empresa debe indemnizarle desde la fecha del contrato laboral (2007) pero él si entiende que se le encuadro mal para beneficio de la empresa y que tiene pruebas de existió una relación laboral por cuenta ajena incubierta desde 1999, puede reclamar, vía demanda, que, el computo, de la indemnización parta de esa fecha.
Por otro lado tenemos la cantidad de la indemnización y esto depende del tipo de despido y de lo que diga el Juez, ya que es el único que puede decidir si es improcedente o procedente, lo que pasa es que si en los despidos considerados disciplinarios la empresa paga la indemnización, se entiende que no lleva la razón y se considera como que asume la improcedencia. Los despidos objetivos son aquellos en que las causas no son imputables al trabajador (económicas, organizativas, etc…), estos siempre llevan indemnización (20 días por año con límite 12 mensualidades), si se consideran improcedentes por el Juez, la indemnización pasa a ser la de 33 días por año con límite en 24 mensualidades.
El caso que me apuntas no es nunca un despido objetivo, es un despido disciplinario por los insultos y amenazas, y con testigos sería una causa justa de despido, sin ningún tipo de indemnización, y se debía haber comunicado posteriormente a dicha discusión, si ha pasado mucho tiempo no a lugar el despido.
Otra cosa que os afecta es que desde 12/04/12 la reforma laboral ha cambiado la indemnizaciones de 45 días a 33 días, con lo que a este contrato, que es de antes de la reforma, le afecta en el cálculo las dos formas, el periodo anterior a la reforma del 2007 a 4/2012, la indemnización es de 45 días y desde 4/2012 a fecha del despido es de 33 días. En Internet existen programas para dicho cálculo dado lo complejo del mismo.