Protección de datos

Hola
No sé si me puedes ayudar con el tema de protección de datos, estoy leyéndome la ley y no sé que archivos tengo que dar de alta, como toda empresa tenemos una agenda informática con los datos de clientes y proveedores y los archivos normales de contabilidad, nóminas, ofertas, facturas, carpetas de obras... ¿tengo qué dar de alta todos esos archivos? He visto que hay seguridad baja, media y alta ¿pero dónde veo el tipo de seguridad que debo emplear con cada archivo?
Gracias