Baja por embarazo de riesgo

Da igual por donde esté de baja (mutua o SS) ya que la baja es por enfermedad común. Le recomiendo aun así que le trate la mutua.
Ni pierde el paro ni dejan de pagarle el seguro.

Todas las empresas tienen la obligación de tener una mutua para tener cubiertas las contingencias profesionales, y pueden, optar por concertar la mutua para las contingencias comunes.
Debemos de distinguir si es riesgo durante el embarazo o embarazo de riesgo... en el primero, su embarazo es normal pero las condiciones del trabajo, la perjudicarían.
En el primero (riesgo durante el embarazo) :
Subsidio equivalente al 100% de la base reguladora correspondiente, que será la establecida para la prestación de IT derivada de contingencias profesionales.
Al efectuarse el pago, se deducirán los importes por cotizaciones a la Seguridad Social y las retenciones por IRPF.
El tiempo sería hasta el nacimiento del bebe y no tendría que pasar por revisiones.
http://www.seg-social.es/Internet_1/Masinformacion/Preguntasmasfrecuen37888/SubsidiosyotrasPres48581/Riesgoduranteelemba48583/index.htm
En el embarazo de riesgo:
Si su embarazo fuese de riesgo, se tramitaría como contingencia común o baja por enfermedad y cobraría hasta el 75% de la base reguladora y el tiempo sería hasta que se le diese el alta (acabase el riesgo para su embarazo).

El beneficio es el mismo. Desde Enero del 2008 todas las bajas incluidas las de enfermedad común y embarazo de riesgo las tramita la mutua de la empresa.
No, No pierdes paro ya que la empresa sigue cotizando por ti.
Claro que si, cuando se está de baja la empresa sigue pagando tu Seguridad Social.