Regla de prorrata de IVA

En primer lugar por vuestra ayuda. Llevo la contabilidad de una de empresa que hasta ahora estaba exenta de presentar declaraciones de IVA porque se dedicaba a alquilar viviendas a particulares y tenían presentado un 036 con la exención.
Durante todo el ejercicio 2013 no han presentado declaraciones de IVA y el impuesto se consideraba un mayor gasto.
Ahora en el mes de Octubre han alquilado una vivienda para un empleado de una empresa, por tanto la factura debe de ir a nombre de la empresa con su Iva correspondiente y no se si debe de llevar también el IRPF (alquiler como vivienda para empresa).
El asunto es que entro en prorrata de IVA (Confirmado por AEAT) pero mi duda arranca en como lo hago.
Por problemas contables debo de RECONTABILIZAR todo el ejercicio 2013 y como hasta ahora se contabilizaba el IVA como mas gasto. ¿Que puedo de hacer ahora?

Al tener que volver a contabilizar todo, ¿puedo generar el IVA de los trimestres anteriores (aunque no se han efectuado declaraciones de IVA) para aplicar la regla de prorrata sobre todo el IVA o debo de contabilizar, igualmente, sin IVA los tres primeros Trimestres y contabilizar el IVA solo para el cuarto?

Muchísimas gracias

Respuesta
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La prorrata debes aplicarla a partir del 4 trimestre que es cuando tienes la obligación de repercutir IVA. Al realizar el alta en la AEAT hay estimado un porcentaje de prorrata, este es el porcentaje que será deducible del IVA soportado durante el 4t/2013. Una vez tengas el trimestre entero contabilizado debes calcular el porcentaje definitivo.

El alquiler de vivienda para los empleado no lleva retención.

Te copio dos consultas de la AEAT en las que se determina que si un empresa alquila una vivienda para sus empleados no hay que practicar retención en virtud del art. 75 .3.g) Real Decreto 439 / 2007, en cambio si la alquila para los empleados de una empresa subcontratada hay que practicar retención.
127435-supuestos de no retención
Pregunta

¿Cuáles son los supuestos en los que no existe obligación de practicar retenciones a cuenta del IRPF sobre rendimientos procedentes del arrendamiento o subarrendamiento de inmuebles urbanos?

Respuesta
No existirá obligación de practicar retención:
Cuando se trate de arrendamiento de vivienda por empresas para sus empleados.
Cuando las rentas satisfechas por el arrendatario a un mismo arrendador no superen los 900 euros anuales.
Cuando el arrendador esté obligado a tributar por alguno de los epígrafes del Grupo 861, Sección 1ª IAE o por algún otro epígrafe que faculte para la actividad de arrendamiento o subarrendamiento de bienes inmuebles urbanos, y aplicando al valor catastral de los inmuebles destinados a arrendamiento o subarrendamiento las reglas para determinar la cuota establecida en los epígrafes del citado Grupo 861 no hubiese resultado cuota cero.
Normativa/Doctrina
Artículo 75 .3.g) Real Decreto 439 / 2007, de 30 de marzo de 2007 .
128389-arrendamiento vivienda para empleados de empresas subcontratadas
Pregunta
Un contribuyente es propietario de una vivienda que va a alquilar a una empresa, la cual, a su vez, la cederá a empleados de empresas subcontratadas por ella. ¿Existe obligación de retener?

Respuesta
De acuerdo con la normativa de referencia, la empresa arrendataria (en cuanto sujeto obligado a retener, estará obligada a practicar retención sobre los rendimientos correspondientes al arrendamiento de inmuebles urbanos que satisfaga, salvo que fuera aplicable alguno de los supuestos de exoneración incluidos en el artículo 75.3.g).
En este caso, cabe señalar que no resulta aplicable el primero de tales supuestos (arrendamiento de vivienda por empresas para sus empleados), dado que la concreción con que aparece delimitada la exoneración impide su extensión a supuestos distintos del expresamente recogido en la norma, como ocurre en el presente caso, en el que no se trata de empleados de la empresa arrendataria.
Normativa/Doctrina
Artículo 99 Ley 35 / 2006, de 28 de noviembre de 2006 .
Artículo 75, 76,100 Real Decreto 439 / 2007, de 31 de marzo de 2007 .
Consulta Vinculante de la D.G.T. V 2054 - 2007, de 28 de septiembre de 2007

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