Factura autónomo

Hola.
Estoy trabajando en una sociedad limitada, pero a mi jefe le han pagado una factura a su nombre como autónomo y con la retención y se lo ingresaron en su cuenta personal.
Entonces mi pregunta es si puedo hacer el IVA tanto de la empresa como de autónomo en el mismo modelo o tengo que hacerlo en dos modelos distitnos.
Muchas gracias.