Existen productos específicos para limpiar el liner, sobretodo para la line de flotación lo que es muy importante es que te asegures de que estos están indicados para piscinas de liner o son aptos para todo tipo de piscinas ya que si no lo son pueden dañar el liner.
Te dejo un enlace a un producto que te puede servir para limpiar la linea de flotación de tu piscina. En la ficha del producto encontrarás toda la información referente a su uso y aplicaciones.
http://www.tuandco.com/certikin-ctx-75-limpiador-desengrasante-linea-de-flotacion
Si el liner se esta volviendo mas claro puede ser causa del cloro que usas para la piscina ya que al ser de liner el cloro lo va deteriorando. Existen muchos productos para tratar el agua de la piscina sin cloro y para las de liner son ideales. Te dejo un enlace para que puedas verlos.
http://www.tuandco.com/desinfeccion-sin-cloro-piscina