¿Algo puede alterar mi ciclo menstrual incluso tomando pastillas anticonceptivas?

Hola! Estoy preocupada ya que voy por la pastilla 12 de mi cuarta caja de anticonceptivos y ayer empecé a manchar y hoy mas abundante y con dolor. He cambiado últimamente mi dieta y empezado una rutina intensa en el gym, tomando vitamina C y E. También tomé un antibiótico (vibramicina) hace algunos días, solo una pastilla. Mi ultimo periodo fue el 4 de septiembre y duró 3 días con flujo muy escaso. No me he saltado ninguna pastilla pero esta ultima caja no la he tomado siempre a la misma hora de costumbre con diferencia de 3 horas máximo. Me tiene preocupada la situación ya que no debería venirme el período sin terminar mi caja de comprimidos de 21. ¿Tienen alguna idea de qué pueda ser?