La disquetera de mi ordenador a veces no reconoce los disquetes

Si la disquetera esta muy antigua, te recomendaría que la cambiases por una nueva (si es que aun encuentras). Prueba también algún sistema de limpieza de cabezales. En cualquier caso se supone que le debes poder instalar una dikettera de 3 1/2 para seguir funcionando. Prueba también a cambiar el cable, porque a veces se cortan por dentro por la manipulación. Comprueba el conector de alimentación.

El problema es que es tan viejo que ni creo que se le pueda adaptar una disqetera de 3 y medio, el bus de datos es distinto. Supongo que es muy viejo, ¿habrá adaptadores o algo? Por ahora busco otra disquetera de 5 y un cuarto a ver si fuera eso

Las disketteras para PC/AT no han cambiado en cuanto al bus, solo debes comprobar si BIOS soporta la disquetera, y hacerte con un cable si no tienes.

El bus de datos es distinto a los actuales. Como si fuera hembra. Se le inserta como una tarjeta pci en la placa base. No va con pines.

Eso ya lo se, los cables de disquetera híbridos modernos tienen ambos conectores, el que tu dices es para disketteras de 5 1/4 y el tipo HDC es para la disquetera. Ese tipo de conector no esta en desuso, es el que se ha usado siempre y se sigue usando para disketteras de 5 1/4. Otra cosa es que use el mismo conector para conectarse a la controladora. Si es así deberías ponerle una controladora ISA con controlador de disquetera que si tenga conector HDC.

Y como consigo a estas alturas unacontroladora isa. Los puertos que tiene la computadora no son ni isa, es más viejo aun creo yo..

No hay nada más antiguo que ISA, en todo caso sera ISA de 8 bits, en lugar de 16.
Si no encuentras alguna en algún PC viejo, deberías buscar otra disquetera. De todas maneras deberías hacerte a la idea que la maquina ha superado con creces su vida útil, que se cifra en 4 años, dado que la vida media de un PC son 2, quizá fuese recomendable desechar la maquina entera. De todas maneras en tiendas de hardware antiguo aun se ven esas controladoras ISA de 8 bits.

Ya lo se. te explico es que es un pc que se usa para un programa de química, que analiza espectros. Tiene conectados varios puertos paralelos que van al analizador en cuestión. Comprar un pc nuevo y un nuevo programa cuesta una millonada. Por eso intento arreglarlo. Buscare una disqetera a ver si ...
¿Pero cómo podríamos adaptarlo a un pc? Solo traen un puerto paralelo normalmente.

Solo tienes que pasar el programa a otro PC, si puedes extraer la controladora del disco antiguo (que supongo no sera ATA, sino uno de aquellos de seagate de 40MB) puedes ponerla en un PC, a ver si va (yo lo conseguí).
Para añadirle puertos paralelos a un PC solo tienes que comprar controladoras PCI con puerto paralelo, las hay hasta con 2 por tarjeta, eso nunca ha sido problema. Vamos, yo no veo inconveniente para usar un PC un poco más decente. Mira por ejemplo http://www.provantage.com/scripts/go.dll/-s/fp_54784

Resulta que quieren ahorrar dinero luego un pc nuevo seria una ultima opción. Por lo pronto voy a probar con otra disquetera de 5 y un 1/4, lo que tu me propones me parece difícil. El bus de datos no es como el de los pc actuales. Es imposible.

Te repito que el bus de disquetera no ha cambiado para nada, otra cosa es que los conectores no sean los mismo, pero el bus no ha cambiado, porque de lo contrario no se podría poner una disquetera de 5 1/4 en un PC fabricado hoy en día.
Ademas una empresa que quiera mantener equipamiento de hace 10 años para realizar análisis no puede estar a la altura ni de ISO 9001, ni de ISO 9002 ni de ISO 14000; me parece impropio de una empresa moderna no invertir no ya en I+D, si no de no realizar mantenimiento en sus equipos.
Si no te crees que el bus es el mismo, aquí tienes la especificación de pines:
http://www.ctips.com/floppy.html
Yo he solucionado exactamente el mismo problema en un equipo bastanme más antiguo (8086)que había que migrar entero a uno más moderno, y no tuve ningún tipo de problema para hacerlo, incluso conecte el disco antiguo en el PC nuevo sin mayor inconveniente.

Los conectores son totalmente distintos. El bus se conecta a la disquetera como si fuera la placa base y una tarjeta pci. ¿Cómo adapto una disquetera de 3 y medio a ese conector?

Ese es el conector standard para disketteras de 5 1/4, si te fijas en el link que te he pasado sale ese conector. Solo tienes que identificar el sentido y crimpar un conector HDC para conectarle una disquetera de 3 1/2; identifica las lineas como te he dicho partiendo de la especificación del conector de disquetera que te he dado para 5 1/4, que es el de la derecha en la página que te he dado.

Necesito que me expliques eso mejor. ¿Cómo conecto una disquetera de 3 y medio a ese conector?

Pues miras las correspondencia de pines y si puedes, que debes poder, crimpar un conector HDC 34 directamente sobre el cable, guardando la orientación correcta. Una vez hecho esto ya puedes conectar la disquetera de 3 1/2, siempre que BIOS la soporte. ¿Lo has comprobado?

Que es crimpar. Como hago eso pa conectarlo

Los conectores de crimpar son los que se montan directamente en cable. En el caso HDC, se montan con una pinza de banco o similar.

Seré muy torpe pero sigo sin saber como se crimpa un conector.