Comisión de servicio con residencia eventual

Hola, mire tengo una duda con respecto a la duración de una comisión de servicio con residencia eventual.
Bien, me encuentro comsionado en una localidad diferente de mi residencia habitual, llevo así aproximadamente dos años, si bien no he residido nunca en un mismo municipio por un período superior a nueve meses.
Me encuentro ahora con que el habilitado de mi trabajo, quiere dar cuenta a hacienda, porque según el, me he pasado del tiempo máximo que puedo estar comisionado, es decir, que según "él", aunque haya cambiado de localidad, y las comisiones hayan sido inferiores a nueve meses en las distintas localidades, es ilegal, y por tanto sumará las dietas al importe total de mi nómina y la comunicación a la agencia tributaria. Esto supondría una sanción económica considerable, con los consiguientes perjuicios que me ocasionaría.
Mi pregunta es, ¿si lo que el habilitado pretende hacer es legal?, ¿Si mis comisiones no superan el tiempo máximo que fija la ley, en base a qué puede dar cuenta de mi?, ¿En caso de que hacienda me llamase, qué debo hacer?... En fin como verás me encuentro en un lío, te agradecería la ayuda.