Retenciones

Loas reglas sobre el IRPF son complicadas y además varían según la autonomía. Por supuesto no son materia de derecho laboral, sino de fiscal. El mejor sitio donde puedes preguntar sobre eso es en tu delgación de Hacienda.
En cuanto al resto, es decir la nómina, te pasa como a casi todos: que miras el neto, y lo que hay que mirar es el bruto, que por supuesto es lo que va a tener en cuenta Hacienda cuando hagas la declaración el año que viene. Imagina que alguien cobra 20000 euros en el 2008 (1666,67 al mes) y normalmente tendría que pagar a hacienda un 15%, es decir 3000 euros. Si la empresa le retiene un 15% (250 al mes) la empresa ingresaría en hacienda 3000 euros a lo largo del año en nombre del trabajador. Entonces, cuando haga la declaración en el 2009 no tendría que pagar ni que cobrar nada, aunque realmente has pagado 3000 euros a lo largo del año anterior. Los 400 euros son una deducción. Eso quiere decir que en vez de pagar 3000 euros tendrá que pagar 2200 euros. Si la empresa lo hace como lo tiene que hacer entonces le retendrían 200 euros menos en julio, y los otros 200 repartidos hasta diciembre (40 menos cada mes). Es decir, que el empresario va a ingresar 2200 euros en vez de 3000 y el empleado va a cobrar 200 euros netos más en julio y 40 más por mes hasta diciembre. Pero lo que están haciendo algunos empresarios listillos es bajarle el bruto de la nómina 200 euros en julio y 40 en el resto de meses. Así el empleado sigue cobrando lo mismo, pero por supuesto el empresario ha ingresado 400 menos en Hacienda. Resultado: el empresario se ha embolsado los 400 euros. Eso en mi opinión es un delito de apropiación indebida denunciable en el juzgado de lo penal. Si lo hace con varios empleados las penas se suman y podría ingresar en prisión.
En resumen, que lo que tienes que mirar es el bruto de las nóminas. Tú tienes que cobrar lo que diga el convenio aplicable para tu categoría real que ejerces, ni un euro menos, con todos los pluses que diga el convenio. Si estás cobrando menos lo puedes demandar en los juzgados de lo social (procedimiento gratuito y sin abogados) y cobrar lo que te deba de los 12 meses anteriores. Lo que te retenga después de todo es lo mismo, siempre y cuando el bruto no te lo toque, ya que si te retiene de más te devolverán dinero hacienda y si te retiene de menos lo que no pagues ahora lo pagarás luego a hacienda. Al final las cuentas son exactamente las mismas.