Compra de un coche ofrecido por una empresa

Hola:
Efectivamente al estar dentro del patrimomio de la Empresa te han de hacer la factura y pagar el 16 por ciento del IVA. el hecho de tener más de cuatro años no te exime de ese pago. Sin embargo al hacer la transferencia no debes pagar el impuesto de transmisiones patrimoniales y actos jurídicos documentados  que es el cuatro por ciento ya que ambos impuestos son incompatibles. Presenta la factura en tráfico y no te exigirán el pago del otro impuesto. El mejor arreglo que podies hacer si tu jefe esta por la labor es hacer una factura como vehículo averiado para su reparación por el comprador. Por esta vía puedes poner un precio hasta del 10 por ciento del precio de mercado. Hacienda no se mete en estos casos. El motor puede estar roto y tu tener que ponerlo reconstruido o usado.

No. Lo que estás transfiriendo es la propiedad de un vehículo averiado. No tiene porque haber factura de raparación. nadie le puede pedir a Ud. más facturas al momento de transferir el vehículo.
A futuro usted puede ser mecánico y repararlo en sus ratos libres.
Sólo tendrías que dar explicaciones si posteriormente lo vendes a precio de mercado y así lo indicas en el contrato de compraventa,  porque entonces te podrían hacer pagar en el IRPF la plusvalía ganada entre el precio de compra del vehículo averiado y el precio que marques por el vehículo reparado. Esto en tu caso no ha lugar y aque no  tienes previsto venderlo.