Puedo tramitar una visa a un país del espacio schengen después de haber sido ilegal?

Estuve en Austria por cuestiones de estudio. Apliqué para una visa de estudiante pero por falta de documentos fue rechazada. Por una confusión superé los 90 días de estancia porque mi trámite de visa estaba en proceso, y pensé que mientras duraba el proceso podía quedarme. En total estuve alrededor de 5 meses en espacio schengen. Al enterarme de mi situación irregular decidí salir de Europa. Salí por España, donde no tuve ningún problema, no me sellaron en rojo el pasaporte ni me interrogaron. Mi intención es volver en septiembre (7 meses después de haber salido de schengen) para terminar mis estudios, y quisiera tramitar de nuevo una visa de estudiante desde mi país (México) para no tener problemas al entrar en caso de ser aceptada la solicitud. ¿Mi pregunta es si el haber estado de ilegal es un impedimento para poder tramitar la visa desde mi país? Aún y cuando no se me deportó ni se me ha negado la entrada a Europa. ¿Es un atenuante el haberme quedado por haber tenido una visa en trámite?