I. Hola Katiuska, disculpa si estoy en un error pero creo que podrían ser tan sólo "tonsilolitos", una calcificación benigna.. dinos por favor si se trata de esto.. en este enlace explican en qué consiste y sus posibles tratamientos..
https://www.saludmedica.com/articulo/tonsilolitos-causas-y-posibles-tratamientos
https://es.wikihow.com/quitar-piedrecillas-de-las-am%C3%ADgdalas-%28tonsilolitos%29


He visto un cuadro, "Gingivoestomatítis herpética", que parece muy vinculado a tener tonsilolitos en la garganta y al mismo tiempo una inflamación de encías, el detalle es que este cuadro tiende a darse en nios y bebés.. en personas adolescentes o adultos es más difícil que ocurra (en principio),
https://es.wikipedia.org/wiki/Estomatitis_herp%C3%A9tica
http://www.analesdepediatria.org/es-gingivoestomatitis-complicada-articulo-13092498
Creo que la mejor forma de averiguar qué ocurre (en el escenario de que continúen los síntomas), es pedir un cultivo o biopsia de la zona en tu médico de cabecera o especialista habitual. Se trata de una prueba muy sencilla en la que se recoge una muestra mínima de tejido (de la encía y de la garganta), para su posterior análisis en un microscopio.. de esta manera el especialista podrá descubrir el microorganismo responsable de esta alteración. Mucho ánimo.