¿Sera por la pastilla o por el uso de condón?

He estado teniendo relaciones sólo con preservativo casi por 3 meses en una ocasión hubo un rose sin el preservativo y me tome la pastilla del día siguiente, como a los 7 o 8 días me bajo la menstruación, después de un mes me comenzó un flujo marrón y hay días que es como transparente con poco de sangre. ¿Sera algún transtorno por la pastilla o alguna infección por el preservativo?.