Manchado café en lugar de la menstruación

Yo soy demasiado irregular en la menstruación a veces eh tardado hasta tres meses con restraso, me han chequeando los médicos y me dicen que tengo un alteración hormonal y por lo tanto esto es normal, en agosto tuve relaciones sin protección, la menstruación se tardó 2 meses en llegar, pero por lo que mencione anteriormente para mi eso fue normal, pero no me llegó una menstruación normal, tuve manchado de flujo café por dos días, en octubre tuve relaciones pero el condón se rompió, el no eyaculo, sin embargo ayer me volvió a llegar el manchado café y hoy ya desapareció, ¿quisiera saber que puede ser eso?