Autorización de regreso SUPERIOR a 90 días. NIE estudiante

Tengo una amiga realizando un doctorado en España, recientemente ha solicitado la renovación del NIE por estudios y todavía esta en proceso de revisión sin darle una respuesta.

En enero debe regresar a su país de origen (Brasil) para realizar el trabajo de campo de su tesis doctoral y regresa a principios de junio (5 meses fuera).

Sabemos que hay un documento para solicitar el regreso cuando aun se esta en periodo de renovación, pero para un periodo máximo de 90 días. En este caso, la estancia es superior a esos 90 días.

¿Cuál debería ser el trámite a realizar? ¿Cómo dejar constancia en extranjería de que va a estar fuera del país por motivos de estudio durante todo ese tiempo? Y que hacer si durante ese periodo llega la respuesta de la solicitud de renovación de NIE (¿suponemos qué concedida)?

Pero sobretodo, que hacer para no tener problemas al regresar a España. ¿Visado de turista y volver a solicitar el NIE? ¿Hay documentos especiales para casos como el de ella?