Formalización del pago de una vivienda a cargo de una cuenta bancaria con varios titulares

Si la cuenta tiene 3 titulares el dinero corresponde un tercio a cada titular.
En caso de pagar con ese dinero el inmueble solo a tu nombre, seria una donación de padres a hijos de 2/3 del saldo de la cuenta.
El impuesto de donaciones es autonómico, debes mirar como tributa en tu comunidad. Por ejemplo en Cataluña, de padres a hijos si se realiza la donación vía escritura publica el tributo a pagar es del 5% hasta 200.000€ y a partir de aquí el 7%.

Muchas gracias por la respuestas! muy claro. Otra cuestión, si quisiera directamente pagar la compra de la vivienda con un cheque a cuenta de esa misma cuenta en la que estamos los tres titulares habría alguna problema? o es necesario que mis padres me hagan transferencia a una cuenta en la que figure yo como titular.

No, no habría ningún problema, es igual una transferencia que un cheque, al comprador no le importa la procedencia del saldo.
Únicamente tu corres el riesgo comentado antes, que hacienda venga a ver si ese dinero donado por tus padres en la compra ha sido declarado en impuesto de donaciones.
Otra opción es que tus padres te hagan un préstamo entre particulares con interés 0% o irrisorio, así cuando venga hacienda puedes decir que no es una donación, que es un préstamo. En este caso también deberías hacerlo vía escritura publica e ir devolviendo el préstamo de una cuenta tuya a una de ellos. De este modo demuestras que es realmente un préstamo y no una donación encubierta.

Muchas gracias! En el caso de que mis padres me pagaran la mitad de un coche directamente al concesionario, el coche a mi nombre, se tendría que declarar ese dinero también a través del impuesto de donaciones. Es un regalo!