Hola fejoal

Extraño comportamiento.
Con todo lo que hiciste deberías evitar los mensajes de actualización. A menos que hubiese algún archivo que presentara inconvenientes en el proceso de actualización.
Y puede haber varias causales:
Cálculos incompletos en el archivo vinculado. Rutas o archivos inexistentes, etc.
Aunque dices que ya lo hiciste, te sugiero un control exhaustivo de los vínculos que tiene tal archivo. Puedes ser que hayas controlado aquellos que realmente necesitas, pero que hubiese algunos vínculos "ocultos".
Para verificarlo, suelo revisar cuatro situaciones. Ellas son:
1. - Las referencias de celdas.
Selecciono todas las hojas en un libro y toda la hoja, Luego con "Edición", "Buscar" en la caja de búsqcar escribo: "[" o ":\"
Habrás notado que las referencias a celdas externas se escribe con la sintaxis siguiente: =C:\dir\[Archivo_Externo]Exhoja!A4.
O puedes usar el nombre del archivo encontrado usando la opción "Editar", "Vínculos".
(Si utilizas, para la búsqueda, el símbolo: "!" podría llevarte a resultados erróneos, ya que también se usa en "Vínculos internos")
Si MS Excel encuentra cualquiera de esos símbolos, te llevará a cada celda que lo tenga.
Fíjate si ese archivo vinculado es el que necesitas.
Si no lo fuera, puedes pegar el resultado como valor o simplemente borrar la celda.
Pero hay otros vínculos que, a veces se ocultan en:
2. - Los Nombres del rango.
Si una hoja se importó de otro Archivo, también puede haber traído algunos nombres del rango del archivo original. Usa la "Edición", "Insertar", "Nombre", "Definir" para verificar cada nombre del rango en su libro. Su dirección se muestra al pie de esta ventana, y notarás que incluye todo el nombre del directorio.
Si encuentra alguna y no la necesitas, pulsa el botón "Eliminar".
3. - Los macros.
Suele asignarse a algunos objetos gráficos la ejecución de algunas macros o módulos de VBA que quedaron el archivo original. Para verificar esto, escoge: "Herramientas", "Macro", "Macros" para ver los disponibles. (Alt+F8 es un atajo para la misma acción). Si hubiera alguno no necesario, pulsa "Eliminar"
4. - Las Tablas dinámicas
De nuevo, si una hoja con una Tabla dinámica en ella se importara de otro archivo, la fuente de datos podría seguir vinculada a un archivo externo. Usa el Asistente para Tablas Dinámicas y regresa hasta Fuente de datos para verificar donde toma los datos de origen.
Nota: Aun hechas estas correcciones, a veces es necesario guardar el archivo, cerrarlo y volver a abrirlo para notar que los vínculos fueron removidos.
Existe un sitio en Internet (en Inglés) que proporciona, gratuitamente, una aplicación para removerlos. Se llama "Findlink.xla" y, si te interesa, está en:
http://www.bmsltd.co.uk/MVP/MVPPage.asp
Si aún quedara algún vínculo rebelde, puedes cambiar el archivo vinculado hacia el mismo archivo que tiene ese vínculo ("Edición" | "Vinculos" | "Cambiar Origen"). Esto solo lo haría si realmente ninguna de las anteriores opciones funcionó.
Si después de todo esto, aún tienes mensajes, puedes colocar una macro de inicio que impida mostrar mensajes y luego restablezca el estado normal al cerrar este archivo.
En tal caso pega estos códigos en el panel correspondiente a "ThisWorkboook":
Private Sub Workbook_Open()
Application.DisplayAlerts = False
End Sub
Private Sub Workbook_BeforeClose(Cancel As Boolean)
Application.DisplayAlerts = True
End Sub
Espero que esto te haya sido útil.
Un abrazo!
Fernando
Pd. Disculpa la demora pero estoy medio "tapado" de trabajo.