Problemas win98 y Formateo de disco

Tengo un problema: un día se colgó Win98 cuando se me estaba cerrando. Reinicié la computadora (con reset), y nunca más se volvió a iniciar. El Norton Disk Doctor se iniciaba y se quedaba analizando creo que era la carpeta de system. Nunca entraba a Windows. Cuando intentaba entrar, aunque sea al modo a prueba de fallos, la computadora o se reiniciaba o se quedaba colgada. No se que pasó. No se como (creo que entrando a DOS) logré correr el scandisk de windows, y supuestamente se corrigió el error, pero igual, nunca llegó a windows. Desde DOS, así mismo, reinstalé windows, con una copia que tenía en mi disco duro, así mismo, entrando por DOS, y pareció haberse solucionado el problema. Ahora existen un montón de programas que no corren o no realizan sus funciones por completo porque no encuentran DLLs o efectúan una operación no válida y se cerrarán. Lo más raro es el Iexplorer, pues entra a todas las pag web, más no a la de hotmail, cuando uno ingresa cualquier username y contraseña, no tengo ni si quiera activadas las restricciones!... Pensaba en formatear el disco duro. Tengo dos particiones, y quisiera reinstalar win98 y winnt en la otra, pero tampoco sé como hacerlo. Me podría ayudar, ¿por favor? Estoy desesperado. Gracias