Si el Fdisk está mandándote este error lo más seguro es que el disco duro tenga problemas o que estés utilizando una versión distinta del FDISK al del propio COMMAND.COM del disco o diskette.
La recomendación es que generes un disco de arranque desde otro equipo con Windows 98 y le copies los archivos FDISK, FORMAT y SYS que encontrarás en C:\WINDOWS\COMMAND.
Si esto no arregla tu problema entonces tendrás que checar tu disco duro, asegurarte que este bien conectado y que el bios de tu computador lo reconozca correctamente.