Duplicar estructura de carpetas

Hola leyendo he encontrado un post de esta misma página que hace casi exactamente lo que yo quiero
http://www.todoexpertos.com/categorias/tecnologia-e-internet/seguridad-informatica/respuestas/1931897/duplicar-una-estructura-de-carpetas-con-sus-permisos
Quiero duplicar una extrustura de carpetas y sus contenidos pero a diferencia del anteriores necesito que los archivos me los deje vacíos, es decir con el menor tamaño posible, no me interesan los archivos sino la estructura de las carpetas con sus archivos dentro.
Esto viene a cuenta por lo siguiente utilizo un programa de backup, Handy backup V.4, que me manda la información diariamente a un ftp, este programa en destino me crea las carpetas y sus archivos de forma incremental y utiliza para su control un archivo index con extensión hbi. Accidentalmente un día borré del origen varios archivos y carpetas y me dí cuenta varios días después con lo cual en esos días el programa modificó su archivo de control index.hbi ahora tengo los archivos con las extensiones zip.bf porque el programa me los manda comprimidos y encriptados con blowfish, tengo la clave pero al restaurarlos sólo me pone los mismos que yo tenia el mismo día que me di cuenta que me faltaban. En el destino están los archivos comprimidos y encriptados pero no puedo accederá ellos.
Lo que necesito pueden ser dos cosas o bien volver a recrear la estructura de las carpetas y archivos de destino y generar otro index.hbi o bien un programa que me desencripte y me descomprima todos los archivos del destino y así devolverlos a su ubicación origial sin comprimir y sin encriptar.
Probé varios programas de desencriptado espacíficos con blowfish pero no me hacen me dan diversos errores.
El programa lo tengo registrado y la casa por ahora no me da soluciones. Realmente es un fallo del programa porque sino por que permiten las copias incrementales si luego pasados varios días no puedes recuperarlas.
Muchas gracias espero me entiendan.