¿Cómo conecto mis pc's con infrarrojos?

No es posible, porque como lo traen los equipos portátiles no es como un adaptador de red, es simplemente una conexión punto a punto con otro equipo IR. Así que solo vera lo que tu le compartas por IR.
Solo que le instales una tarjeta de red PCMCIA o también llamada PC CARD
Suerte un placer ayudarle

Puse los dos pc's a funcionarle el infra rojo y no se encuentran el uno al otro, los dos tienen el mismo puerto com virtual, pero win98 no dice nada de como compartir cosas con algún dispositivo infrarrojo. ¿Qué hago?

En la padre de abajo a al derecha donde esta el reloj o bien entras en Panel de Control a Infrared ahí puede definir el servicio, pero claro tiene que detectar que el otro equipo este cerca.
Revisa la configuración ahí.
Suerte un placer orientarle