Servlet llamando a un archivo .jasper

Sobre la compatibildad de ireport con jre 1.6 o versiones anteriores depende de la versión de ireport. Pero en principio yo lo he usado con jre1.5 y jsdk 1.4 y no he tenido problemas.
Sobre lo de instanciar el report .jrxml no deberías tener problema. Para poder hacerlo necesitas tener las librerías de jasperreports en tu aplicación y llamarlo. Yo no lo uso con servlet pero te puedo pasar las librerías que tengo metidas en el programa y la linea de código en la que instancio los reports... (aunque no se si para servlet valdrá lo mismo)

Gracias por la respuesta, he tratado de avanzar un poco. Y ahora tengo el siguiente problema que es un poco más explicito.
Diseño del Servlet
1)Librerías, estas son las librerías que ocupo, usando jasperreports-3.7.1.jar
import net.sf.jasperreports.engine.JREmptyDataSource;
import net.sf.jasperreports.engine.JRException;
import net.sf.jasperreports.engine.JasperCompileManager;
import net.sf.jasperreports.engine.JasperRunManager;
2)Metodo que instancia el .jrxml
try {
       ServletContext sc = getServletConfig().getServletContext();
       String jrxmlPath = "RPT/classic.jrxml";
       String jasperPath = "RPT/classic.jasper";
       InputStream is = sc.getResourceAsStream(jasperPath);
       if (is == null) {
              System.out.print("Veromoas algo por aca, sino se encuentran los archivos");
              String rp = sc.getRealPath(jrxmlPath);
              JasperCompileManager.compileReportToFile(rp);
              is = sc.getResourceAsStream(jasperPath);
        }
        ServletOutputStream sos = response.getOutputStream();
        JasperRunManager.runReportToPdfStream(is, sos, new HashMap(),
        new JREmptyDataSource());
        response.setContentType("application/pdf");
        sos.flush();
        sos.close();
}
catch (JRException e) {
        StringWriter sw = new StringWriter();
        PrintWriter pw = new PrintWriter(sw);
        e.printStackTrace(pw);
        response.setContentType("text/plain");
        response.getOutputStream().print(sw.toString());
}
3) El error que tengo y su traza
HTTP ERROR: 500 Lorg/apache/commons/logging/Log;
java.lang.NoClassDefFoundError: Lorg/apache/commons/logging/Log;
    at java.lang.Class.getDeclaredFields0(Native Method)
    at java.lang.Class.privateGetDeclaredFields(Class.java:1514)
    at java.lang.Class.getDeclaredField(Class.java:1206)
    at java.io.ObjectStreamClass.getDeclaredSUID(ObjectStreamClass.java:1474)
    at java.io.ObjectStreamClass.access$400(ObjectStreamClass.java:47)
    at java.io.ObjectStreamClass$3.run(ObjectStreamClass.java:335)
    at java.security.AccessController.doPrivileged(Native Method)
    at net.sf.jasperreports.engine.base.JRBaseReport.readObject(JRBaseReport.java:742)
    at sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke0(Native Method)
    at sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke(NativeMethodAccessorImpl.java:39)
    at sun.reflect.DelegatingMethodAccessorImpl.invoke(DelegatingMethodAccessorImpl.java:25)
    at net.sf.jasperreports.engine.util.JRLoader.loadObject(JRLoader.java:194)
    at net.sf.jasperreports.engine.JasperFillManager.fillReport(JasperFillManager.java:603)
    at net.sf.jasperreports.engine.JasperRunManager.runReportToPdfStream(JasperRunManager.java:370)
Agradeceria mucho tu ayuda, o que me indicaras como lo haces tu, para tratar de implementarlo en mi servlet.