Hola

No uses el comando guardar como, al final donde dice ayuda hay un apartado que dice exportar como imagen trasparente usalo.. aaaa te recomiendo que acoples las capas primero... así fucionadas es mejor y entonces no tendrás problemas al enviarla como trasparente.. :d suerte..

Debes de cambiar el color del fondo, al decirle que es transparente, luego no se distingue del logo y no se ve. Y al guardarlo, en JPG, lo que hace es que combina automáticamente las capas de fondo y la del logo en una sola capa, y por defecto con fondo blanco. Para que no te ocurra eso, debes guardar el archivo como PSD, o TIFF.

Antes de guardarlo haz lo siguiente.
Cambia el modo a color indexado:
Imagen >Modo > Color Indexado.