Incapacidad para trabajar

LLevo 5 operaciones de rodilla, y me encuentro en un punto en que las limitaciones físicas y secuelas cada vez son más impeditivas y la pérdida de movilidad y dolores impeditivos me impiden darme de alta para practicar mi profesión.Soy conductor y viajo todos los días y a toda la geografía andaluza. Dentro de poco tendré que pasar la inspección médica y mi necesidad es curarme lo antes posible para poder llevar ingresos por horas extras a mi casa, pero en caso de que la inspección me proponga como salida la incapacidad, me gustaría saber en que condiciones quedaría con la permanente o absoluta y si económicamente perdería algún porcentaje de mi salario. ¿El importe de lo que me quedara sería en función de mis retribuciones fijas o también de las variables(horas extras, de presencia...) o sea, el total por lo que cotizo? Soy empleado público, en régimen general s/s, con 20 años de cotización y 39 años de edad. Mi ámbito jurídico es el VI Convenio Colectivo para el personal laboral de la Junta de Andalucía. Si necesita al gún dato más le rogaría me preguntase. Muchas gracias.