¿Me roba la empresa?

Por supuesto que llevas razón. En cualquier momento puedes imponer el cobro de cualquier cantidad que te deba tu empresa por cualquier concepto mediante un proceso de reclamación de cantidad, que se inicia en el SEMAC mediante un acto de conciliación y continua en los juzgados de lo social mediante una demanda. Puedes reclamarles cualquier deuda que hayas conocido en los 12 meses anteriores a la fecha en que lo inicies, incluso aunque ya no trabajes en esa empresa. Se puede demandar de forma que nunca pagues abogado si pierdes. Puestos a reclamar, que te revisen bien las últimas 12 nóminas alguien que no sea de la empresa ni de la asesoría que se las hace, porque es muy probable que hayas estado cobrando menos de lo que dicen las tablas salariales actualizadas del convenio aplicable, que además puede que no sea el que te han aplicado. En ese caso le puedes cobrar toda la deuda acumulada de los 12 meses anteriores en el mismo proceso. En la demanda puedes meterles intereses por demora de un 10% anual. Por tanto si la empresa te debe dinero míralo como si lo estuvieras metiendo en el banco con intereses. Si la deuda te ocasionó algún perjuicio económico lo puedes recuperar, tras ganar la demanda anterior, mediante una procedimiento civil de reclamación de daños y perjuiicios. Por ejemplo si sufriste embargos, cortes de suministro, tuviste que pedir créditos o te cobraron comisiones por descubierto. Pero con eso hay que ir con ojo, porque las demandas de daños y perjuicios sí necesitan de abogado y puede haber condena en costas. Por lo tanto no reclames daños a no ser que puedas demostrar (por ejemplo por los extractos bancarios) que tu descalabro económico se debió únicamente a la deuda de la empresa. Lee este artículo sobre cómo seleccionar abogado (incluso gratis) para casos laborales.

Todo esto que me cuentas, ¿afecta también a las pagas extras? ¿Me pasa lo mismo según convenio son 959?, ¿Y me pagan 805?.

Afecta a pagas extras o cualquier deuda que la empresa tenga contigo con el convenio que sea. Si según tu convenio son 959 (o incluso puede que más si aplicas los pluses obligatorios) y te han pagado 805 entonces les podrás reclamar la diferencia de los 12 meses anteriores a la demanda y en adelante.
No olvides puntuar y finalizar la pregunta.

Y donde puedo ir para que me tramiten la denuncia contra la empresa, o quien me lo puede hacer ese proceso, ¿o dónde puedo ir? Gracias.