¿Es legal tener dos convenios a la vez?

¡Buenas tardes! Voy a intentar ser breve y conciso.
Mi novia trabaja para una asociación de discapacitados físicos pero está cotratada por una subcontrata (una especie de ETT) A la hora de firmar la dijeron que el convenio que le afectaba era el de la asociación y no el de la ETT. Ahora resulta que ha estado de baja y el convenio de la asociación dice que tiene que recibir el 100% de la baja. El día que va a preguntar lo de la baja haber si hay algún problema, la dicen que para las bajas hay unas clausulas por las cuales, se aplican el convenio de la ETT. Y así alguna otra cosa como dietas y demás. ¿Para empezar es legal que te apliquen dos convenios a la vez? Y segundo si mi novia no ha firmado nada y además no ha sido informada de estás clausulas ¿es ilegal lo que está haciendo esta asociación con su trabajadora?
Nada más. Muchas gracias y espero no haberle molestado. 1 saludo