Pago anticipado de factura

Tengo un proveedor al cual se le paga la factura por adelantado, yo lo contabilizo como "Anticipo de proveedores", desglosando por mi cuenta el IVA, en el registro de IVA solo tengo de justificante una copia del cheque y asigno número de factura recibida en el registro, ¿es correcto?, cuando llega la factura el proveedor no indica el anticipo, ya que se le ha pagado la totalidad del importe por anticipado. ¿Debería contabilizar el importe anticipado en otra cuenta? Ya que la factura no se registra y creo que no es correcto.