Factura no declarada del 2006

A ver si me puedes echar una mano.
Soy autónomo en España. Llevo mi facturación lo mejor que puedo, pero en mi primera declaración de IVA cometí un error. A ver cómo lo puedo solucionar:
La cosa es que yo me di de alta en noviembre de 2006 y tenía 2 facturas emitidas ese año. En enero de 2007 hice mi declaración 4T y el resumen anual pero como era novato, creía que las facturas que no me hubieran pagado no las tenía que declarar, con lo cual de esas dos, solo declaré una. Ya en mayo de 2007 me puse a hacer la declaración de IRPF y al ver mis datos vi que estaban reflejadas las dos facturas como cobradas el año anterior aunque yo aun no había cobrado la segunda. Al haber declarado solo una y no saber qué hacer, volví a declarar solo una en la de IRPF pero luego me dijeron que no podía declarar la segunda en 2007 porque estaba fechada en 2006, con lo cual se me quedó colgada sin declarar hasta día de hoy. No quiero tener problemas con hacienda por culpa de una factura y menos de hace tanto tiempo. ¿Qué puedo hacer para quitármela de encima? Supongo que la solución sería una declaración complementaria del IVA 4T del 2006, ¿no? ¿Del 390 también? ¿Hasta cuándo tengo para hacerlo?
Ahora bien, ¿qué pasa con la declaración 100 del IRPF de 2006 que presenté en 2007? Teóricamente al tener más IRPF por la factura olvidada, me tendrían que devolver más, ¿no? Pero en este caso supongo que no procede porque soy yo el que tendría que cobrar y no Hacienda. ¿Qué hago? ¿Presento también complementaria de la 100 del 2006?

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Desde luego es algo liosa la situación. El presentar complementarias o sustitutivas no es buen camino, porque se suelen dar pistas de que algo se ha hecho mal. El caso es complicado, porque entiendo que la cobrarías en 2007. Yo personalmente, haría un abono de la factura con fecha de 2006, de esta manera no tendrías ni que hacer complementaria ni de IVA ni de IRPF. Y si lo que quieres es declararla, la emitiría de nuevo con fecha de ahora y la declararía en 2009. El problema sería el cobro, pero podrías alegar una provisión de gastos recibida, que finalmente ha sido el importe exacto de la factura, en caso de inspección.
Otra opción es, si hasta ahora no ha habido reclamación alguna, dejarlo correr. No queda demasiado para la prescripción del ejercicio 2006.
Me alegro de no haber hecho nada hasta haber preguntado. Yo también pensaba que una declaración complementaria daría lugar a una inspección o similar. Creo que me decantaré por hacer el abono con fecha de 2006. Como dices no queda mucho para que prescriba y hasta ahora no he tenido ninguna notificación al respecto.
Muchísimas gracias.

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