Baja laboral voluntaria tramitada con 6 meses de retraso

El pasado 30 de septiembre causé baja voluntaria en la empresa en la que trabajaba, lo cual indiqué con 11 días de antelación, el 19 de septiembre, mediante un escrito que me devolvieron debidamente firmado. El 1 de octubre comencé en mi actual empresa y, hasta ahí, pensaba que todo bien.
La cuestión es que ayer me llamaron de mi antigua empresa diciéndome que se me han estado realizado unos ingresos indebidos en mi cuenta en concepto de nómina, desde octubre pasado hasta el mes pasado y que, como yo en ese período no he acudido a mi puesto de trabajo, me van a realizar un recobro de esas cantidades.
Yo, por motivos personales, cambié de cuenta bancaria al cambiar de empleo, pero mantuve abierta la anterior, y comprobé ayer que, efectivamente, ese dinero está ahí, es decir, que no tendría problema en devolverlo. La cuestión radica en que, al comentarme esto, yo les pregunto si me siguen pagando en concepto de nómina porque me siguen teniendo dada de alta. Ante mi pregunta, se quedan callados unos segundos y me responden que no saben. Yo les digo que me parece increíble que, casi seis meses después de haber solicitado una baja voluntaria, siga aún dada de alta por su parte, y me dicen que ha sido una incidencia que ya solucionarán con la Seguridad Social con carácter retroactivo.
La cuestión es que, aparte de estar dada de alta hasta ayer en dos empresas a la vez, el pasado día 11 de marzo también me di de alta como autónoma porque voy a montar un negocio con mi pareja. Ese mismo día me descargué una vida laboral para comprobar únicamente que, efectivamente, el alta en el autónomo estaba realizada porque, claro, no podía siquiera imaginarme nada de todo lo que me contaron ayer.
Cuál es mi sorpresa, cuando ayer, después de la llamada, me vuelvo a descargar una vida laboral, justo una semana después de la anterior, y me doy cuenta de que aparezco dada de baja de mi anterior empresa con fecha de 18 de enero de este año. Al recordar que tenía la vida laboral del pasado día 11, compruebo que en esa fecha aún seguía dada de alta.
Mis preguntas son:
- ¿Cómo puede ser que el pasado día 11 de marzo estuviese aún dada de alta en mi antigua empresa y ayer, una semana después, aparezca dada de baja con fecha de 18 de enero?
- ¿Puede perjudicarme de alguna manera el haber estado desde el 1 de octubre hasta ahora dada de alta en dos empresas a la vez y, desde el pasado día 11, también como autónoma?
- Independientemente de que devuelva el dinero que me reclaman, que no sería ningún problema para mí, ¿puedo actuar de alguna manera contra ellos por no haber tramitado mi baja voluntaria hasta casi seis meses después de la fecha en que la solicité?