Pérdida de datos - Mac Utilidad de discos

Espero se me pueda ayudar.
Tengo una Mac. El problema es con un disco duro externo Toshiba de 1TB.
Puesto que yo tengo dos computadoras, una mac y otra windows, necesito que la información del disco duro Toshiba se pueda ver y escribir en ambos. Para eso, averigüé un poco y descubrí que necesitaba instalar un programa que permitiera escribir en el disco duro portable en NTFS desde la Mac, para que así no tuviera problemas al emplear windows y mac. Decidí instalar Paragon NTFS Pro.
Con lo anterior pude ver y escribir archivos en mi disco duro Toshiba tanto en windows como en mac. Sin embargo, hace poco me sucedió que carpetas que podía ver en mac, dejaron de poder verse en windows. Tras un oco de experimentación, descubí que si pasaba una carpeta de mi disco duro externo al escritorio de la mac, la borraba en en disco duro externo y la regresaba de nuevo a al disco duro externo, ésta se hacía nuevamente visible en windows.
Como tengo demasiada información y no quise trdarme tanto en pasar al escritorio 200GB, borrarlos del disco duro toshiba, y regresarlos del escritorio al disco duro portable, pensé que probablemente algo del sistema de archivos del disco duro no andaba bien y podría utilizar la "Utilidad de discos" para reparar el problema. Pero cuando esleccioné el Disco Duro Externo Toshiba de 1Tb con "Utilidad de discos/primera ayuda/reparar disco", al terminar la reparación y buscar los archivos en el finder, ya no pude ver el contenido de archivos de mi Disco Duro externo. Lo conecté en la Windows, y tampoco pude ver nada. Sin embargo, en ambos al ver las propiedades y la información del volumen, aparecen como ocupados los 200GB de un total de 1TB. Esto me dice que la información está ahí, sólo que no puede llegar a ella la mac ni la windows.
¿Qué puedo hacer?
He utilizadoaplicaciones de recuperación de información como getback data en windows y stellar phoenix y wondershare data recovery en mac, pero además de ser herramientas recuperación demasiado lentas por la cantidad de espacio a analizar, no identifican todos los archivos que tengo en el disco duri portable.
Vi una pregunta en la que se recomienda el uso de "Utilidad de discos/primera ayuda/reparar disco" para reparar el índice de la estructura de las carpetas, pero fue esta herramienta la que me provocó el conflicto. ¿Qué puedo hacer para reparar este indice de archivos y carpetas? Supongo el problema vino de que la escritura de los datos la había estado realizando en NTFS por mi necesidad de compatibilidad. ¿Existe solución alguna, o he de seguir intentándolo con herramientas de recuperación de datos?