Doble numeración facturas.

Hola. Ahí va mi pregunta.
Soy autónomo y desde años y hasta hoy he realizado mi facturación de forma particular, dando a cada factura números correlativos.
Ocurre que las empresas a las que facturo, grandes entidades, obvian mi numeración, y facturan por mi con otra numeración, incluso facturando conjuntamente trabajos que yo he facturado individualmente.
Consecuencia de esto, al final de año, el total de lo facturado por mi, no coincide con lo indicado en los certificados que me pasa la emprsea, ya que esta factura por mi, y en los últimos meses del año, deja trabajos que yo si facturo para el año siguiente.
Hasta ahora yo he tenido en cuenta para el pago del IVA la facturación confeccionada por mi, y para la declaración de IRPF lo indicado en los cerficiados.
Esto ocurre desde el año 2002 aproximadamente y nunca he tenido problemas con Hacienda.
Quiero saber si lo hago bien, o quizás debería de dejar de facturar por mi cuenta, y contabilizar las facturas que hacen por mi, las cuales tienen numeración dispar, y así al final de año no habría diferencia entre lo declarado en IVA y el IRPF.
Gracias.

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