Disolver una sl con bien (local)

Probablemente tu gestor tenga razón, aunque el tema es complicado.
La adjudicación del local a un socio es una entrega de bienes a efectos de IVA, igual que una venta. Por ser una transmisión, está sujeta a un impuesto indirecto, bien IVA o bien ITP (TPO). Si es primera entrega será IVA y si es segunda entrega en principio será TPO.
Por otro lado, al ser una operación societaria tributa por ITP (OS) al 1%.
La clave está en lo siguiente:
- El IVA es compatible con ITP(OS). Por tanto, si hablamos de primera entrega tributará por los dos impuestos: IVA por la entrega de bienes y OS por la operación societaria.
- Los tipos de ITP no son compatibles. Si es segunda entrega debería tributar por ITP (TPO), pero como ya tributa en ITP (OS) por la operación societaria pues se paga solo este último.
Resumiendo:
- Si es primera entrega tributará el 16% de IVA más el 1% de OS
- Si es segunda entrega solo OS.
Lo normal es que sea segunda entrega, y por lo tanto tu gestor tendría razón.
Eso sí, al estar hablando de IVA podríamos incluir más casos distintos con distinta tributación (renuncias a exenciones, etc..).
Lo mejor es que hagas caso a tu gestor, que para eso es un profesional. Y si no confías en él pues busca otro en quien hacerlo, pero sobre temas tan complicados no vayas cogiendo frases al vuelo por internet.

Muchas gracias por su respuesta lo que no me queda claro es qué significa primera o segunda entrega, la sociedad compro a un señor particular el local por 23500 euros sin iva.
Gracias por su aclaración.

Por otro lado me he enterado que tendría que pagar plus valía municipal, ¿sí es así el plusvalía que es el porcentaje sobre el valor catastral o el valor del local? Gracias por su respuesta.

Coloquialmente, la primera entrega es la que hace el promotor de un inmueble, la entrega de un inmueble de "primera mano". En tu caso pues estaríamos hablando de segunda entrega, y por tanto sujeta solo a OS al 1%.
Respecto a la plusvalía me temo que no voy a poder responderte. Es un impuesto de carácter municipal y cada municipio tiene sus tarifas. Normalmente se calcula en base al valor catastral y los años que hemos tenido el inmueble en nuestra posesión, pero cada ayto tiene sus tarifas. Y si es un ayto pequeño puede ser que no lo cobren.
La plusvalía la suelen gestionar las diputaciones provinciales (al menos por aquí), y si te pones en contacto con ellos te tienen que dar la cuota que corresponda.