Compatibilidad entre distintos tipos de empresas

No hay problema, por cotizar en dos regímenes de Seguridad Social, es más si cotizas los suficientes años a los dos regímenes, en principio tendrías derecho a dos pensiones una por cada régimen.

El alta de autónomos es única y te vale perfectamente parta también efectuar trabajos por tu cuenta sin necesidad de sobrepago ninguno, lo único que tendrías que hacer es darte de alta en el IAE correspondiente a tu nueva actividad personal como persona física.

Por lo que respecta al paro, para tener derecho al paro debes estar en lo que se denomina "situación legal de desempleo" y para ello debe ser previa la baja del régimen de autónomos a la del régimen general o de lo contrario no cumplirías esta condición.

En caso de querer cobrar el paro sin dar de baja la actividad de la sociedad, deberías conseguir que la gestione otro administrador, es decir darte de baja como administrador de la sociedad (no como socio) y nombrar a otro administrador antes de darte de baja en la empresa en la que trabajas en régimen general por cuenta ajena.

La pluriactividad se define como la situación en la que se realizan dos o más actividades laborales que obligan a cotizar en más de un Régimen de la Seguridad Social. Es compatible, por tanto, tener un contrato por cuenta ajena, y consiguientemente estar dado de alta en el Régimen General, y al mismo tiempo ejercer profesional o empresarialmente otras actividades económicas por cuenta propia que te obligan a estar en situación de alta en el Régimen Especial de Trabajadores Autónomos.
Bonificaciones para nuevos autónomos en situación de pluriactividad
La Ley de Emprendedores, finalmente aprobada en el Congreso el 19 de septiembre de 2013, y cuya entrada en vigor se producirá en los próximos días, tras su publicación en el BOE, contempla importantes bonificaciones para nuevos autónomos en situación de pluriactividad.

Estos autónomos podrán reducir su base de cotización de la siguiente manera:
Primeros dieciocho meses de alta: hasta el 50% de la base mínima. Teniendo en cuenta además que los autónomos en situación de pluriactividad no están obligados a cotizar por incapacidad temporal, en la práctica su cuota mensual de la Seguridad Social sería de tan sólo 113,76 euros.
Segundo dieciocho meses de alta: hasta el 75% de la base mínima, lo que dejaría la cuota mensual en 170,64 euros.
En el caso de que la pluriactividad sea a tiempo parcial, las bonificaciones se reducirían al 75% y 85% respectivamente. Está por ver cómo va a creditarse el tiempo de dedicación.
No obstante, si así lo desearan, podrán optar por una base de cotización superior hasta llegar a las bases máximas de cotización.
Los requisitos para poder optar a estas cuotas reducidas son:
Darse de alta por primera vez en el régimen especial de autónomos de la Seguridad Social.
Iniciar una situación de pluriactividad con motivo de dicha alta.
Esta bonificación será incompatible con cualquier otra como por ejemplo la tarifa plana de 50 euros.
Esta medida va a sustituir en algunos casos a las devoluciones por doble cotización que se explican más abajo, para lo que era necesario cumplir unos requisitos que pocos autónomos cumplían.
Exclusión de cotizar por incapacidad temporal
Tal y como comentamos en el documento sobre Altas y Bajas en el RETA, la cobertura de la prestación económica por Incapacidad Temporal tendrá carácter obligatorio, desde el 1 de enero de 2008, según lo establecido en Ley 20/2007 de 11 de julio, para todos aquellos que se quieran dar de alta en el Régimen Especial de Trabajadores Autónomos, pero será opcional si te encuentras en situación de pluriactividad y tienes derecho a la prestación por Incapacidad Temporal en otro régimen del Sistema de la Seguridad Social en el que también te encuentres en situación de alta.
También es importante recordarte que la cobertura de las contingencias de accidentes de trabajo y enfermedades profesionales en el RETA tiene carácter voluntario, excepto para los trabajadores autónomos dependientes y para aquellos que estén obligados a formalizar dicha protección por desempeñar una actividad profesional con un elevado riesgo de siniestralidad, pero dentro del Régimen General, las contingencias por accidentes de trabajo y enfermedades profesionales son un elemento de cotización incluido.

Un saludo,

Martín Varela

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P.D.: Agradezco valoración de la respuesta