Pagar una multa de hacienda

La verdad es que, con la información que vd facilita ("el asesor debió de hacer mal algo" o "estaba retenido por algo y puso un recurso") no puedo darle una buena información.
La ley General tributaria, que es la que regula esto, es muy compleja y hay que saber muy bien en qué momento del procedimiento estamos.
Hacienda no pone multas de 2000 euros por haber reclamado esos 6000 euros. Lo que correspondería, suponiendo que la reclamación sea impropia y, como no se ha obtenido la devolución, es aplicar el 15% que prescribe el art. 194
Artículo 194. Infracción tributaria por solicitar indebidamente devoluciones, beneficios o incentivos fiscales.
1. Constituye infracción tributaria solicitar indebidamente devoluciones derivadas de la normativa de cada tributo mediante la omisión de datos relevantes o la inclusión de datos falsos en autoliquidaciones, comunicaciones de datos o solicitudes, sin que las devoluciones se hayan obtenido.
La infracción tributaria prevista en este apartado será grave.
La base de la sanción será la cantidad indebidamente solicitada.
La sanción consistirá en multa pecuniaria proporcional del 15 %.
Pueden ocurrir muchas cosas, desde que su pareja haya reclamado un IVA que no le correspondía porque hacienda determine como no-deducibles determinadas facturas, cualquier otra cosa... en cualquier caso: multa del 15% de 6000 son 900 euros, no 2000.
¿Ha pasado ya el plazo? Pues lo tenemos mal. Porque se nos ha evaporado el derecho a la reclamación basándonos en el fondo del asunto y solo nos queda pagar la multa... Si no se recurre y se paga en plazo, podemos obtener un 30% y un 25% de descuentos respectivamente.
Otra alternativa es pedir una revisión de oficio extraordinaria basada en los art. 220 y ss de la LGT por error material de hecho que, me parece (no tengo delante los comunicados para poder ver si procede o no) va a ir a la papelera.

No me queda muy clara la consulta al carecer de datos. De todas formas te comento algunas ideas: Por un lado Hacienda no puede multar simplemente por interponer una demanda (deduzco que en el económico administrativo). Eso es simplemente ilegal, las irregularidades de la Administración pueden recurrirse a los tribunales. Lo que supongo que puede haber pasado es que Hacienda interpusiese una sanción por algo, que dicha sanción se recurriese, pero no se pagase previamente, ni se depositase un aval, ni se pidiese la suspensión de la sanción. Ahí sí puede estar la clave. Para que nos entendamos, ¿si Hacienda a mí me pone una sanción de 6.000?, y esta es firme, yo puedo recurrirla ante la jurisdicción económica administrativa, pero eso no me libra de pagarla. Si posteriormente se demuestra que tengo razón, se me devolverá dicha cantidad, con los intereses correspondientes. Pero la sanción devenga su pago, o la constitución de un aval.
Puede ser que a tu novio le retuviesen por tener una cantidad pendiente con Hacienda (forma parte del procedimiento habitual, que antes de devolver una cantidad, comprueben si el sujeto pasivo debe algo a Hacienda, para ingresarle únicamente la diferencia). Ahora bien, ¿no termino de ver el motivo de los 2.000? De diferencia. La verdad es que sin tener las comunicaciones de Hacienda no puedo deducir más.
Lo que sí podéis es, si todo ha sido por negligencia o dolo del la asesoría, es demandarle. Eso sí, tenéis que tener pruebas de su negligencia (el juez necesita alguna prueba para condenarlos), para pedir que os indemnice por el resultado de su negligencia.

No te conozco de nada pero te voy a pedir que me permitas darte un consejo. Quiero que leas esta frase que esta copiada literalmente de tu pregunta anterior. Pero leela detenidamente y dime si entiendes algo. Y luego piensa si yo te puedo entender.
La frase en cuestión es esta:
( A los taxistas les pagan el iva, que han pagado por la licencia)y el asesor debió de hacer mal algomal en la declaración, y me pareja pasado ya un año casi fue a reclamar ese dinero.
De verdad si te expresas estaré encantado de ayudarte