Obras en Casa unifamiliar con local

Una sola escritura:( Vivienda unifamiliar de tipo D- 1 en polígono residencial. Se compone de planta baja y piso, con sus correspondientes habitaciones y servicios. La vivienda tiene una superficie útil de 90m2, el garaje 17,36m2 y el trastero 12,15m2. Consta también de un local unido a la misma de 42m2. Su solar ocupa una superficie de 274,01m2.

Un único recibo de ibi para toda la propiedad.

Quiero hacer obras y convertir el local en vivienda ( ampliación ).. Pero el ayuntamiento me pide que para darme el permiso vuelva a abrir la pared y colocar la puerta del garaje que se quitó ( según el arquitecto del ayuntamiento, por la nueva ley del 2015 de que todas las viviendas tienen que tener garaje).

Jamás ha sido garaje, se convirtió en la cocina del bar- restaurante de polígono industrial de la familia cuando se compró recién construida la finca hace 30 años. Con todos los permisos en regla de ayuntamiento y sanidad.
¿Pueden denegarme los permisos de obra y cambios si no vuelvo a poner la puerta del garaje?.